本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，提供了一種水稻鎘積累相關(guān)基因OsHMA3的基因內(nèi)分子標(biāo)記Caps7及其應(yīng)用，通過(guò)設(shè)計(jì)合成了正反兩條引物，在PCR體系中對(duì)水稻DNA進(jìn)行擴(kuò)增，然后對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，最后通過(guò)瓊脂糖電泳檢測(cè)確定待測(cè)水稻含有HMA3？1或HMA3？2等位基因，從而確定水稻鎘積累性狀并輔助秈稻低鎘積累品種的選育。本發(fā)明可以有效的鑒別水稻鎘積累性狀，并為秈稻鎘低積累品種的選育提供新的技術(shù)手段，提高選育效率。